国公立大学の一番の利点は学費が安い事です。国立大が法人化され、以前よりは多少経営が難しくなったとは言われていても、文系と理系の学費が同じで、しかも私立より安いのは自明の理といったところでしょうか。
私立大に通うことで考慮しなければならない寄付金、施設維持費、医学部なら実験費などの費用が、国公立大学ならかからない場合が多く、そこが大きな違いと言えるかもしれません。国公立大学を卒業した卒業生の中には、就職せず、修士課程、博士課程に進む人が私立大学より多いのは、学費の安さが影響しているのかのしれません。
また、国公立大学はある程度の権威があるので、社会に広く認知されている強みもあるでしょう。私立大の場合は、いくつかのか有名私大こそありますが、まだカテゴリーとして国公立大とは違うのは否めません。ただ就職の状況を見ると、特定の分野には私大卒が多い業界なども存在するので、一概に優劣はつけられません。